Mit dem „Ring of Fire“ zum Weltmeistertitel in synthetischer Biologie
4. November 2014
Heidelberger Studententeam gewinnt renommierten iGEM-Wettbewerb in Boston
Bereits zum zweiten Mal in Folge sicherte sich ein studentisches Team der Universität Heidelberg und des Deutschen Krebsforschungszentrums den Hauptpreis sowie gleich mehrere Spezialpreise im internationalen iGEM-Wettbewerb in Boston. Die Heidelberger setzten sich dabei gegen 245 Teams aus 32 Ländern durch. Mit ihrem Projekt „Ring of Fire“ lösten die zwölf Heidelberger Studierenden ein verbreitetes Problem bei der Nutzung biologischer Moleküle: Die Eiweißbausteine (Proteine) sind oft nur wenig stabil und können daher bei vielen Anwendungen in Forschung und Biotechnologie nicht eingesetzt werden. Der Trick der Heidelberger Studenten: Mithilfe eines neuen Systems schlossen sie die Proteine zu einem Ring, was die Stabilität deutlich erhöhte. Der Ringschluss schützt die empfindlichen Enden der Eiweiße und macht sie damit für die Nutzung in neuen Technologien interessant. Betreut wurde das Team von Prof. Dr. Roland Eils, der an der Universität Heidelberg und am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) bioinformatische Forschungsabteilungen leitet, gemeinsam mit Forschungsgruppenleiterin Dr. Barbara Di Ventura.
Proteine werden in vielfältigen Anwendungen in der Forschung, Medizin und Biotechnologie genutzt. Ein großer Nachteil ist allerdings, dass sie nicht besonders stabil sind. Insbesondere die Enden eines Proteins sind sehr empfindlich. Die Studenten erfanden nun eine Methode, um diese Enden zu schützen: An das wie ein verknäuelter Wollfaden vorliegende Protein koppelten sie sogenannte „Linker“, die wie ein zusätzliches Stück Faden die beiden Enden miteinander verbinden. Die ringförmigen Proteine weisen eine deutlich höhere Stabilität auf als die Proteine mit losen Enden und können so für neue Anwendungen genutzt werden.
Ein Beispiel, wie ein ringförmiges Protein zu deutlich verbesserten Forschungsergebnissen führt, hat das Heidelberger iGEM-Team bereits praktisch erprobt: In biomedizinischen Laboren wird DNA sehr häufig mit der Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) vervielfältigt, die bei sehr hohen Temperaturen abläuft. Beim Vervielfältigen gehen die epigenetischen Markierungen der DNA verloren, denn das Enzym Methyltransferase (DNMT1), das diese Markierungen kopieren kann, verträgt die Hitze nicht. Abhilfe könnte hier eine ringförmige, hitzestabile Methyltransferase schaffen: Damit ließen sich nicht nur die vier Buchstaben des genetischen Codes vervielfältigen, sondern auch epigenetische DNA-Markierungen, die für das Ablesen des Codes von großer Bedeutung sind und das An- und Abschalten von ganzen Genen steuern. Die Studenten gehen davon aus, dass der Ringschluss auch therapeutische Proteine vor dem Abbau in Köperzellen schützen oder Enzyme, die in der Lebensmitteltechnologie verwendet werden, stabilisieren kann.
Die Heidelberger stellten der wissenschaftlichen Gemeinschaft einen universell anwendbaren standardisierten „Baukasten“ zum Ringschluss von Proteinen zur Verfügung – was dem Team neben dem Hauptpreis auch den Spezialpreis für den besten technologischen Fortschritt einbrachte. Darüber hinaus programmierten die Studenten zwei neue Software-Anwendungen. Damit lässt sich die Länge des benötigten Linkers exakt berechnen, der benötigt wird, um die beiden Proteinenden zu verbinden, ohne die Struktur und Funktion zu stören. Da diese Anwendungen sehr rechenintensiv sind, entwickelten sie zudem die Plattform „iGEM@Home“, die die Rechenkapazität ungenutzter Computer weltweit für die Datenverarbeitung nutzen kann. Ihre Fortschritte im Bereich der Softwareentwicklung wurden mit einem weiteren Sonderpreis geehrt.
Beim international genetically engineered machine (iGEM)-Wettbewerb in Boston suchen studentische Teams weltweit nach Lösungen für oft alltägliche Probleme und nutzen dafür das Potential der synthetischen Biologie. Bei der Endausscheidung des zehnten iGEM-Wettbewerbs 2014 setzten sich die Heidelberger in der Kategorie „undergraduate“ gegen ihre Konkurrenten durch und verwiesen selbst renommierte Universitäten wie Harvard, Stanford, MIT und Yale auf die Plätze. Neben dem Hauptpreis sicherten sich die Heidelberger auch mehrere Spezialpreise, etwa für den besten technologischen Fortschritt oder die beste Software, und wurden außerdem zum Publikumsfavoriten gewählt. Nach dem großen Erfolg des Jahres 2013, in dem zum ersten Mal ein deutsches Team den internationalen Wettbewerb für sich entscheiden konnte, gelang es den Heidelbergern nun als erstem Team überhaupt in der iGEM-Geschichte, den Wettbewerb zweimal in Folge für sich zu entscheiden. Unterstützt wurde das Heidelberger Team unter anderem von der Klaus-Tschira-Stiftung, der Dietmar-Hopp-Stiftung, der Helmholtz-Initiative Synthetische Biologie und dem Exzellenzcluster CellNetworks der Universität Heidelberg.
