Auf die Forschungsförderung des BMBF entfielen 2005 mit 19,9 Mio. € ca. 17 Prozent aller Drittmittelausgaben der Universität. Dies gilt insbesondere für die nichtmedizinischen Institute, für die die angewandte Forschungsförderung des BMBF zu 20 Prozent aller Drittmittelausgaben beiträgt. Im Vergleich zum Vorjahr konnten BMBF-Drittmittelausgaben um 29 Prozent gesteigert werden. Mit dem neuen BMBFProjekt "Megacities von Morgen", einem interdisziplinären Forschungsvorhaben unter der Leitung von Professor Eitel vom Geographischen Institut, wird in einem Modellversuch in China auch international eine neue Form der Zusammenarbeit mit der Industrie gesucht. Die Medizinischen Fakultäten konnten große Erfolge in dem vom BMBF und der DFG-geförderten Programm "Klinische Studien" erzielen. Bei der vom Bundesministerium für Bildung und Forschung unterstützten Verbundforschung, die im Bereich der Forschung mit Großgeräten wie z.B. Teilchenbeschleunigern sehr große Bedeutung hat, gehört insbesondere die Heidelberger Physik zu den Spitzenreitern in Deutschland.
Das 6. Forschungsrahmenprogramm der Europäischen Kommission (6. FRP) ist für die Universität Heidelberg eine zunehmend wichtige Drittmittelquelle. Die Universität konnte die Drittmittel für EU-Projekte im Jahr 2005 um 25 Prozent auf 6,9 Mio. € steigern. Insbesondere die Medizinische Fakultät Heidelberg und die Fakultät für Physik und Astronomie waren im Jahr 2005 sehr erfolgreich bei der Einwerbung von EU-Fördermitteln. So wird seit September 2005 vom Kirchhoff-Institut für Physik das integrierte Projekt FACETS "Fast Analog Computing with Emergent Transient States in Neural Architectures" mit zwölf weiteren Partnern aus Frankreich, Großbritannien, Österreich, Schweiz, Ungarn und Deutschland koordiniert.
Ein besonderer thematischer Schwerpunkt der Universität Heidelberg liegt in der Priorität "Lebenswissenschaften". Das Marie-Curie-Programm der Europäischen Union, mit dem die Mobilität von Wissenschaftlern und der Aufbau von Netzwerken gefördert werden, erfreut sich dabei besonderer Beliebtheit. Mit Dr. Jian Wei Pan (Fakultät für Physik und Astronomie) und Dr. Marcus Mall (Medizinische Fakultät Heidelberg) haben sich zwei Wissenschaftler der Universität im Jahr 2005 erfolgreich für ein Marie-Curie-Excellence Grant mit jeweils über 1,1 Mio. € beworben. Die Universität hat bereits im Berichtsjahr damit angefangen, sich auf das 2007 beginnende 7. Forschungsrahmenprogramm vorzubereiten. Mit finanzieller Unterstützung durch das baden-württembergische Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst und der BASF wirkt seit April 2005 ein Mitarbeiter des Forschungsdezernates an der Errichtung der "Europäischen Technologieplattform für Nachhaltige Chemie" (SusChem) mit.
Bereits vor Fertigstellung des neuen Bioquant-Gebäudes hat das "Forschungszentrum für Modellierung und Simulation in den Biowissenschaften" (BIOMS) seine Arbeit aufgenommen. Dieses Projekt wird über eine "Private-Public-Partnership"-Finanzierung realisiert. Neben der Universität beteiligen sich das Land Baden-Württemberg, die Klaus-Tschira-Stiftung, das European Molecular Biology Laboratority (EMBL), das Deutsche Krebsforschungszentrum (DKFZ), das European Media Laboratory (EML) sowie das Max-Planck-Institut für Medizinische Forschung.
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