Die Koalitionsvereinbarung der neuen Bundesregierung sieht vor, die Umsatzsteuer ab dem 01.01.2007 von 16% auf 19% zu erhöhen. Damit verteuern sich extern beschaffte Güter und Dienstleistungen für alle nicht umsatzsteuerpflichtigen (d. h. hoheitlichen) Bereiche der Universität. Da diese Bereiche die erhöhte Umsatzsteuer nicht weitergeben können, lässt sich die Verteuerung dort i. d. R. nur durch zusätzliche Einsparungen kompensieren.
Der im Haushaltsplan des Landes Baden-Württemberg veranschlagte Zuschuss wird teilweise in die leistungsorientierte Mittelverteilung (LOM) einbezogen. Zentrale Kriterien bei dieser Verteilung sind die eingeworbenen Drittmittel der Hochschulen sowie Studierenden- und Absolventenzahlen. Da Heidelberg als Volluniversität naturgemäß weniger Drittmittel einwirbt als technisch geprägte Universitäten (z. B. mit Ingenieurwissenschaften) und andererseits auch nicht durch Massenfächer mit hohen Studierenden- und Absolventenzahlen geprägt ist, sind auch zukünftig Verluste aus der LOM zu erwarten. Die Universität ist einerseits bestrebt, diese Verluste zu minimieren, indem sie eine Steigerung der für die Mittelverteilung relevanten Indikatoren (z. B. das Drittmittelaufkommen) forciert. Andererseits werden Ausgaben gekürzt, um Verluste aus der LOM zu kompensieren.
Die Studienbeiträge, die der Universität zukünftig zufließen, sollen eingesetzt werden, um die Bedingungen für die Studierenden zu verbessern. Da die Universität gemäß dem gegenwärtig vorgesehenen Verfahren die Studienbeiträge, die aus Darlehen der Landeskreditbank Baden-Württemberg - Förderbank (L-Bank) finanziert werden, erst zu einem relativ späten Zeitpunkt erhält, besteht die Gefahr, dass Maßnahmen zur Verbesserung der Studienbedingungen durch die Universität vorfinanziert werden müssen. Dies würde für die Universität eine zusätzliche finanzielle Belastung bedeuten.
In den vergangenen Jahren hat die Universität regelmäßig größere Investitionen aus Mitteln zur Förderung des Hochschulbaus (HBFG) finanzieren können. Diese Art der Bund-Länder-Finanzierung des Hochschulbaus wird durch die Föderalismusreform entfallen. In welcher Form das Land Baden-Württemberg auf diese Situation reagieren wird, ist derzeit noch nicht absehbar. Allerdings geht die Universität Heidelberg davon aus, dass im Laufe des Jahres 2006 eine neue Regelung für die zukünftige Bau- und Großgerätefinanzierung gefunden wird.
Die Universität beschäftigt neben den Mitarbeitern, die auf Landesstellen geführt werden, auch Mitarbeiter, die aus Landesmitteln finanziert werden. Die hierfür benötigten Mittel werden aus freien Planstellen erwirtschaftet (insbesondere aus Professorenstellen). Es zeichnet sich ab, dass diese Form der Finanzierung zunehmend schwieriger wird, da die Zahl der in den Ruhestand wechselnden Professoren in absehbarer Zeit deutlich abnimmt und somit auch die Zahl der unbesetzten Professorenstellen zurückgeht. Auf der anderen Seite lässt die allgemein angespannte Haushaltslage wenig Spielraum für andere Lösungen dieses Problems.
Für Kooperationsprojekte der Universität und ähnliche Vorhaben ist es oftmals möglich, eine Anschubfinanzierung zu erhalten, insbesondere um die Personalausgaben während der ersten Jahre zu decken. Da sich die betreffenden Vorhaben häufig auch langfristig nicht selbst tragen, stellt sich für die Universität in späteren Jahren regelmäßig das Problem, die Finanzierung des betreffenden Vorhabens fortzuführen. Dies wird angesichts von Stellen- und Mittelkürzungen zunehmend schwieriger. Vor diesem Hintergrund werden entsprechende Vorhaben in der Universität intensiver geprüft, insbesondere auch im Hinblick auf mögliche Belastungen in späteren Jahren. In den Fällen, in denen die spätere Finanzierung unsicher ist, verzichtet die Universität ggf. auf das betreffende Vorhaben und die damit verbundene Anschubfinanzierung.
Ein Risiko im Personalbereich, das z. B. die mit der Datenverarbeitung und -kommunikation befassten Organisationseinheiten betrifft, ist die z. T. hohe Spezialisierung der Mitarbeiter. Eine Vertretung ist in diesen Fällen häufig nur sehr begrenzt möglich. Das Ausscheiden der betreffenden Mitarbeiter ist u. U. mit einem Know how-Verlust für die Universität verbunden, der sich kurzfristig nicht ausgleichen lässt. Die Universität kann diesem Risiko nur begrenzt begegnen, da die Rahmenbedingungen die Einrichtung zusätzlicher Stellen nicht zulassen.
Geeignete Maßnahmen sind u. a. die Standardisierung von Verfahren und Programmen sowie eine intensive Zusammenarbeit funktionsgleicher Organisationseinheiten.
Um hervorragende Wissenschaftler gewinnen und halten zu können, muss die Universität den Wissenschaftlern ein attraktives Arbeitsumfeld zur Verfügung stellen. Dies ist verbunden mit einem erheblichen Bedarf an Finanzmitteln und Mitarbeiterstellen, der die Universität angesichts der Vielzahl von Berufungs- und Bleibeverhandlungen auf der einen und der beschränkten finanziellen Möglichkeiten auf der anderen Seite zunehmend vor Probleme stellt. Um den damit verbunden Risiken zu begegnen, hat die Universität Folgendes vorgesehen:
Eine Chance, das wissenschaftlich hohe Niveau der Universität Heidelberg nicht nur zu erhalten, sondern auch zu steigern, stellt die bereits erwähnten Exzellenzinitiative dar. Die Universität hofft, dass sie den Exzellenzwettbewerb mit Erfolg abschließt und dadurch ihre Handlungsspielräume zum Nutzen der Wissenschaft deutlich erweitern kann.
Die Förderbedingungen einiger Drittmittelgeber sehen keine Vollkostendeckung vor. Häufig wird erwartet, dass die Universität einen gewissen Prozentsatz der Projektkosten selbst trägt oder dass sie eine bestimmte Ausstattung zur Verfügung stellt. Das Engagement in solchen Drittmittelprojekten hat zur Folge, dass Ressourcen der Universität gebunden werden und Handlungsspielräume verloren gehen. Den damit verbundenen Risiken kann durch eine geeignete Planung begegnet werden. Im Falle langfristiger Projekte lassen sich die Risiken allerdings auch durch eine Planung nur begrenzt beherrschen. Die Universität unterstützt daher Bestrebungen für eine vollkostenorientierte Abrechnung von Drittmittelprojekten und sieht insbesondere auch in der entsprechenden Initiative der Europäischen Union eine Chance für eine sachgerechte Abrechnung der Nutzung universitärer Ressourcen.
Das Thema Sicherheit in der Datenverarbeitung ist in den letzten Jahren immer wichtiger geworden. Das Universitätsrechenzentrum registriert zahlreiche Angriffe auf die Datenverarbeitungsanlagen der Universität. Datenverlust bzw. Datenmanipulation sind die aus diesen Angriffen resultierenden Risiken. Vorbeugend wurde eine vom Rektorat verabschiedete Sicherheitsrichtlinie verfasst, die die Benutzer zur Einhaltung von definierten Sicherheitsstandards verpflichtet.
Es besteht seit Jahren ein Missverhältnis zwischen dem festgestellten Sanierungsbedarf der von der Universität genutzten Gebäude und den tatsächlich finanzierten Maßnahmen. Diese Situation führt zu zahlreichen Störungen und Schadensfällen (Wasserrohrbrüche, ausfallende Klimatisierung, etc.). In einer landesweit durchgeführten Erhebung wurde für die Universität Heidelberg der Sanierungsbedarf mit ca. 300 Mio. € beziffert (bei einem Zeitwert der Gebäude von 510 Mio. €). Das Universitätsbauamt trägt zwar Sorge dafür, dass die dringlichsten Maßnahmen zuerst durchgeführt werden, und stellt auf diese Weise sicher, dass der begrenzte finanzielle Rahmen optimal genutzt wird. Jedoch reichen die Maßnahmen nicht aus, um den Sanierungsstau abzubauen.
Neben den notwendigen Sanierungen gibt es nach wie vor Um- und Ausbaumaßnahmen, die dringend begonnen werden müssen. Betroffen ist u. a. die Universitätsbibliothek, die vor dem Problem steht, dass aufgrund der beschränkten Raumkapazität, die Literatur z. T. nicht sachgerecht untergebracht werden kann und in absehbarer Zeit auch die notwendigen Räume für neu erworbene Literatur fehlen. Daneben sind auch wichtige technische Einrichtungen der Universitätsbibliothek erneuerungsbedürftig. Ohne diese Maßnahmen besteht das Risiko, dass die Universitätsbibliothek das hohe Leistungsniveau nicht halten kann. In der Universität wurden Pläne erarbeitet, so dass die notwendigen Maßnahmen kurzfristig umgesetzt werden können, sobald die notwendigen Mittel zur Verfügung stehen.