Deutsch-Japanische Kooperation in der Systembiologie
Pressemitteilung Nr. 2/2009
5. März 2009
5. März 2009
Kooperation der Universität Heidelberg mit zwei japanischen Instituten erweitert Nutzerkreis für populäres Simulations- und Analysewerkzeug der Systembiologie
Wissenschaftler der Universität Heidelberg arbeiten derzeit mit Entwicklern der Keio Universität in Yokohama und dem Systems Biology Institute in Tokio zusammen, um einer größeren Anzahl von Anwendern die Nutzung der Simulations- und Analysemethoden aus COPASI zu ermöglichen.
Die Untersuchung von biochemischen Reaktionsnetzwerken mit Hilfe des Computers ist ein Hauptteil der Arbeit von Systembiologen. Dazu erstellen die Wissenschaftler zuerst eine mathematische Beschreibung (Modell) des zu untersuchenden Systems, das anschließend im Computer simuliert wird, um dessen Verhalten vorherzusagen und zu analysieren.
Es gibt eine Vielzahl von mathematischen Formalismen, um ein solches Modell aufzustellen und noch mehr Möglichkeiten, es zu simulieren und zu analysieren. Geeignete Software hilft den Wissenschaftlern, diese Bandbreite an Optionen besser auszunutzen. Zwei der beliebtesten Programme auf diesem Gebiet sind CellDesigner und COPASI. Während das Hauptaugenmerk von CellDesigner auf der Erstellung von Modellen liegt, konzentriert sich COPASI auf die Simulation und Analyse der Reaktionsnetzwerke. Um den Nutzern von CellDesigner die Simulations- und Analysemöglichkeiten von COPASI zur Verfügung zu stellen, haben die Autoren der beiden Programme eine Kooperation vereinbart.
Die Entwickler von COPASI stellen hierbei die Simulations- und Analysemethoden aus COPASI den Entwicklern von CellDesigner in einer Form zur Verfügung, die es ihnen erlaubt, sie in CellDesigner zu verwenden. Auf diese Weise kommen auch die Benutzer von CellDesigner in den Genuss der zahlreichen hochentwickelten Simulations- und Analysemethoden, die COPASI so populär gemacht haben.
Erste Früchte trägt die Kooperation bereits. So können in der aktuellen Version von CellDesigner schon Modelle mit den Methoden aus COPASI simuliert werden.
Diese Zusammenarbeit wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung gefördert.
Bei CellDesigner (http://www.celldesigner.org) handelt es sich um ein Programm, mit dem Benutzer Modelle von biochemischen Reaktionsnetzwerken grafisch erstellen und editieren können. Die Software wird derzeit sowohl vom Systems Biology Institute in Tokyo, Japan, als auch der Keio University in Yokohama, Japan, entwickelt.
COPASI ist ein hochentwickeltes Softwarepaket zur Simulation und Analyse von biochemischen Reaktionsnetzwerken. Die Entwicklung von COPASI wird derzeit in einer Kooperation zwischen der Universität Heidelberg, dem Virginia Bioinformatics Institute an der Virginia Tech, U.S.A., und der Universität von Manchester, U.K., entwickelt.
Rückfragen bitte an:
Prof. Dr. Ursula Kummer & Dr. Sven Sahle
Universität Heidelberg
ursula.kummer@bioquant.uni-heidelberg.de
sven.sahle@bioquant.uni-heidelberg.de
Allgemeine Rückfragen von Journalisten auch an:
Dr. Michael Schwarz
Pressesprecher der Universität Heidelberg
Tel. 06221 542310, Fax 542317
michael.schwarz@rektorat.uni-heidelberg.de
http://www.uni-heidelberg.de/presse
Irene Thewalt
Tel. 06221 542310, Fax 542317
presse@rektorat.uni-heidelberg.de
Die Untersuchung von biochemischen Reaktionsnetzwerken mit Hilfe des Computers ist ein Hauptteil der Arbeit von Systembiologen. Dazu erstellen die Wissenschaftler zuerst eine mathematische Beschreibung (Modell) des zu untersuchenden Systems, das anschließend im Computer simuliert wird, um dessen Verhalten vorherzusagen und zu analysieren.
Es gibt eine Vielzahl von mathematischen Formalismen, um ein solches Modell aufzustellen und noch mehr Möglichkeiten, es zu simulieren und zu analysieren. Geeignete Software hilft den Wissenschaftlern, diese Bandbreite an Optionen besser auszunutzen. Zwei der beliebtesten Programme auf diesem Gebiet sind CellDesigner und COPASI. Während das Hauptaugenmerk von CellDesigner auf der Erstellung von Modellen liegt, konzentriert sich COPASI auf die Simulation und Analyse der Reaktionsnetzwerke. Um den Nutzern von CellDesigner die Simulations- und Analysemöglichkeiten von COPASI zur Verfügung zu stellen, haben die Autoren der beiden Programme eine Kooperation vereinbart.
Die Entwickler von COPASI stellen hierbei die Simulations- und Analysemethoden aus COPASI den Entwicklern von CellDesigner in einer Form zur Verfügung, die es ihnen erlaubt, sie in CellDesigner zu verwenden. Auf diese Weise kommen auch die Benutzer von CellDesigner in den Genuss der zahlreichen hochentwickelten Simulations- und Analysemethoden, die COPASI so populär gemacht haben.
Erste Früchte trägt die Kooperation bereits. So können in der aktuellen Version von CellDesigner schon Modelle mit den Methoden aus COPASI simuliert werden.
Diese Zusammenarbeit wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung gefördert.
Bei CellDesigner (http://www.celldesigner.org) handelt es sich um ein Programm, mit dem Benutzer Modelle von biochemischen Reaktionsnetzwerken grafisch erstellen und editieren können. Die Software wird derzeit sowohl vom Systems Biology Institute in Tokyo, Japan, als auch der Keio University in Yokohama, Japan, entwickelt.
COPASI ist ein hochentwickeltes Softwarepaket zur Simulation und Analyse von biochemischen Reaktionsnetzwerken. Die Entwicklung von COPASI wird derzeit in einer Kooperation zwischen der Universität Heidelberg, dem Virginia Bioinformatics Institute an der Virginia Tech, U.S.A., und der Universität von Manchester, U.K., entwickelt.
Rückfragen bitte an:
Prof. Dr. Ursula Kummer & Dr. Sven Sahle
Universität Heidelberg
ursula.kummer@bioquant.uni-heidelberg.de
sven.sahle@bioquant.uni-heidelberg.de
Allgemeine Rückfragen von Journalisten auch an:
Dr. Michael Schwarz
Pressesprecher der Universität Heidelberg
Tel. 06221 542310, Fax 542317
michael.schwarz@rektorat.uni-heidelberg.de
http://www.uni-heidelberg.de/presse
Irene Thewalt
Tel. 06221 542310, Fax 542317
presse@rektorat.uni-heidelberg.de
Seitenbearbeiter:
E-Mail
